1999年12月20日，澳门回归祖国怀抱，珠江口的风云激荡中，横琴与澳门的命运从此交织。

2000年3月，第一代横琴口岸在莲花大桥桥头拔地而起，如同一颗种子埋入珠江之畔的沃土。25年时光荏苒，这颗种子已长成一株灿烂盛开的并蒂莲，见证琴澳两地边检从“一水相隔”到“血脉相融”，从“两地两检”到“合作查验、一次放行”，从“历史同源”到“制度共融”。横琴口岸的每一次变迁，都是国家战略的生动注脚，更是“一国两制”下琴澳一体化发展的缩影。

2000年3月28日，坐落在莲花大桥桥头的第一代横琴口岸正式对外开放，横琴出入境边防检查站开启了对过往横琴口岸旅客及车辆的出入境边防检查工作和对莲花大桥进行24小时警戒监护的任务。

建站初期，口岸查验设施极为简陋，旅检大厅和车道均为铁皮棚搭建的简易临时建筑，旅检大厅通道数量少、空间狭窄，车道队更是在半露天环境下执勤，日晒雨淋。“刚来到横琴站时，可以用荒凉来形容，孤零零的联检大楼和‘一衣带水’的澳门遥遥相望，口岸每天从早上9点到下午5点开放，日均客流量不过几百人，倍显冷清。”横琴边检站老民警文济兵在当年的执勤日记中写道。

国家开放港澳“自由行”政策后，大量内地居民持往来港澳通行证出境赴港澳旅游观光，横琴口岸成为通关热门选项。与此同时，运送鲜活产品和珠澳两地各类进出口物品的通关货车每日在莲花大桥上穿梭不断，日均车流量达2000辆次。到2004年底，横琴口岸客流、车流量分别排列全国各口岸的第十位和第五位，一跃跻身全国十大口岸之列。

为适应不断攀升的客流量，2005年9月，口岸开始建设永久性联检楼。2007年5月，第二代横琴口岸正式建成并启用，2009年底，口岸二期工程车辆查验通道项目相继建成启用。在新的联检大楼里，查验大厅宽敞明亮，出入境旅客检查通道从原先的12条增加到了24条，新设立了12条珠海边检总站自主开发的自助查验通道，集指纹采集验证、人像识别、读卡系统、智能控制系统为一体，大大提高了通关效率。口岸全年客流量也从2000年刚开关时的20万人次爆发式增长至2009年的230多万人次。

作为琴澳之间互联互通的唯一门户，横琴口岸也走上了粤澳合作的机制创新之路。

2014年12月18日零时，第三代横琴过渡期口岸正式投入使用，实施24小时通关。2016年12月20日，首辆澳门单牌车入境横琴，驶向琴澳同心建设的“新家园”。为将新横琴口岸打造成为国内软硬件条件一流、通关最智能高效的对澳合作“新窗口”，横琴边检站对标最新标准，按照最严要求，积极与澳门边检部门、口岸建设单位及信息化承建方研究探索，在通关流程、通道设置、旅客候检、信息化建设等方面大胆创新、积极探索。

2020年8月18日，第四代横琴口岸正式开通，新横琴口岸满足旅客、车辆日通关量分别达到约22万人次、7000辆次，大幅提高口岸管控能力和通关效能。在旅检快捷查验通道率先实施“合作查验、一次放行”创新查验模式，实现旅客“一次排队、一次放行”，20秒即可完成通关，彻底告别“两地两检”的历史。

2021年9月，《横琴粤澳深度合作区建设总体方案》出台，合作区挂牌成立，横琴边检站从便利人员车辆跨境流动、服务特色产业发展、保障两地社会民生等多方面着手，联合澳门治安警察局、澳门海关、澳门卫生局、横琴海关4家查验部门，启用全国首创的客货车“联合一站式”查验系统，实行跨境车辆在同一条通道内“一次排队、合作查验、联动放行”的新机制，助力随车人员验放厅开通启用，扩大横琴口岸合作快捷通道通行人员范围，助推参加“琴澳旅游团”人员7天内可以多次往返琴澳等政策措施顺利落地。

新横琴口岸不仅是通关枢纽，更是交通网络的“心脏”。珠机城际铁路、澳门轻轨横琴线在此交会，串联珠海机场与澳门国际机场。2024年12月，澳门轻轨横琴线通车，珠澳铁路网正式成形，交织的轨道促使粤港澳大湾区迈入“一小时生活圈”。

“在横琴生活，过关十分便捷！”澳门青年陈先生每日经口岸赴澳门大学上课，体验“丝滑通关”；澳门咖啡品牌“诚品咖啡”创始人汤锦珍将门店开进横琴“澳门新街坊”，开启“双城生活”。截至目前，超6600户澳资企业落户横琴，逾万名澳门居民在此安居，医疗、教育、政务等领域互联互通持续深化。

未来，横琴边检站还将继续创新探索，深入推进澳门大学专用口岸、横琴口岸澳门机场值机楼、琴澳游艇码头、低空飞行器跨境运输等项目的落地，努力在促进澳门经济适度多元发展、便利澳门居民生活就业中不断发挥移民管理机构的新作为，助推“澳门+横琴”成为“一国两制”实践的新示范、国家高水平对外开放的新平台。